Permasalahan banjir dan genangan air belakanagan ini makin sering mengemuka di Kota Singaraja pada setiap musim hujan. Berkurangnya daerah resapan air dan sedimentasi saluran akibat drainase yang tidak baik adalah salah satu hal yang sering dituding sebagai penyebab terjadinya genangan. Kawasan yang dulunya merupakan daerah pertanian sejalan dengan kebutuhan terhadap perumahan sekarang banyak beralih fungsi menjadi kompleks permukiman baru. Kondisi seperti ini membawa konsekuensi lahan pertanian menjadi terpencar-pencar yang menyebabkan banyak saluran irigasi hilang atau ditutup plat beton.
Perkembangan permukiman pada daerah pertanian, sering kali menyebabkan kesulitan tersendiri dalam penanganan banjir dan genangan air. Masalah yang harus dimaklumi adalah saluran drainase saat ini sebetulnya berasal dan masih berfungsi sebagai sebagai saluran irigasi ataupun saluran pembuang irigasi. Ada beberapa hal yang kontradiktif; kalau prinsip drainase mengingingkan menurunkan muka air agar tidak meluap ke permukiman tetapi irigasi menaikkan muka air agar dapat mengairi lahan. Tujuan drainase mengeringkan sedangkan irigasi membasahi (menggenangi sawah), dari segi dimensi saluran drainase dari hulu ke hilir semakin besar sedangkan saluran irigasi semakin ke hilir akan semakin mengecil.
Disamping dwifungsi, akibat kepadatan penduduk saluran drainase sering juga difungsikan tempat pembuangan sampah dan tempat pembuangan limbah rumah tangga. Dengan terbatasnya lahan maka pembuangan sampah akan menemui hambatan sehingga tidak jarang saluran drainase dimanfaatkan sebagai tempat pembuangan sampah. Ditambah lagi kesadaran dan kebiasaan masyarakat terutama yang tinggal dibantaran sungai sering menjadikan sungai sebagai tempat pembuangan sampah dan limbah rumah tangga. Dampak dari “malfungsi” drainase adalah meningkatnya sedimentasi yang mengurangi luas penampang basah saluran dan bahkan menyumbat saluran drainase sehingga tidak berfungsi dengan baik.